證券交易所得稅將於102年1月1號起正式上路。102年與103年這兩年間，證所稅分成『設算所得就源扣繳』與『核實課稅』雙軌制，分別簡稱｢設算制與核實制。而104年回歸到核實制的單一選擇。
在雙軌制實施期間，可以自行選擇設算制或核實制，但選擇後的當年度無法修改制度。11月初起，大家會逐漸收到券商寄的信件，請你選擇一個課稅制度。
法律規定以下三種情況沒得選擇，一定要採取有獲利要繳稅的核實制：出售未上市櫃股票、出售興櫃股票達十萬股以上、出售102年起IPO（第一次公開發行）之股票且取得且數量在1萬股以上。
除此之外，我們要如何作選擇呢？
核實制 vs 設算制
所謂的『核實制』，是指證券交易之後，將收入扣掉原始取得成本及必要費用的所得，收取15%的證所稅，簡單說:要有賺錢才要課稅。不過，如果你是長線投資人，稅率則回相對便宜：持有一年以上，稅率減半；持有三年以上，稅率減少到1/4。
『設算制』，則是大盤指數在8500點以上時，依據出售金額扣繳千分之零點二的證所稅；9500點以上時，稅率為千分之零點四；10500點以上時，稅率為千分之零點六。
設算制類似證交稅，當你交易時，就要繳稅。
以下將民眾分成不同的身份，來解析如何選擇對自己最有利的證所稅制：
一、年度賣出股票金額未滿10億元的民眾
年交易金額未滿十億元的民眾，在104年核實制單軌制時，為免稅對象。
但關鍵在於102年與103年時，未滿10億元的民眾若選擇核實制，則獲利仍需被課稅。（為了確認此關鍵差異，特別感謝國稅局吳先生耐心說明）
所以面臨設算制與核實制二擇一的困擾。2011年11月初大盤指數為7200點左右，距離設算制的課稅基準8500點，還需18%的漲幅。如果大盤真的漲到8500點，採用核實制，需要繳納18%報酬總金額的15%給政府，18%x15% 等於2.7%；但若用設算制，只需繳納0.02%，相差140倍。因此，以現在情況來看，似應選擇『設算制』。
二、年度賣出股票金額超過10億元的民眾
交易金額超過十億元的民眾，在104年核實制單軌制時，有獲利時需要繳納證所稅。
而在102年度時，由於目前大盤距離8500點尚遠，選擇核實制有獲利無論如何都要繳稅；選擇設算制則還有千點以上的免稅空間，且相較達到8500點的報酬率與稅率來說，設算制的千分之二稅率相當低廉。
對於交易金額達10億元以上的大戶，目前選擇設算制較為有利。不過若大盤逼近8500點，則可以考慮有獲利才繳稅的核實制，避免大筆金額交易時面臨每筆千分之二的交易成本損失。
三、交易第一次公開發行股票者
對於民眾最常見的，是抽股票時碰到的問題。
如果是數量在1萬股以上且取得時間為102年起的IPO股票，一律採取核實制。
公司承銷階段取得數量在1萬股以下或是101年12月31前取得的IPO股票，從104年起，屬於免稅的範圍；在102年與103年，則是兩個制度二擇一，相同的，以若以上面推算，設算制似乎為佳。
特殊的是，這邊的1萬股是指每間公司1萬股，並非總額一萬股。由於一般抽股票時運氣不會那麼好一次抽到10張以上，所以抽股票時較不需要擔心轉手賣出十倍強制核實扣15%的證所稅。
綜合判斷，由於目前大盤距離8500點甚遠，若只為為明年做考量，似乎以設算制為佳。
