這兩種基金各有什麼優缺點呢？在優點上，安聯投信分析，相較於直接投資式的基金，組合式基金具有額外的2項優勢，分別是:1.基金原本就是由專家操作，再由專家挑基金，除了免除投資人選市場、找機會、挑商品的煩惱，也等於是由專家選專家，投資有雙重保護；2.因投資標的是基金，流動性本就比一般商品來得高，所以比較沒有直接投資時可能面臨的流動性問題，在調整時的靈活度更高。
組合式基金手續費較高
投資前需留意
但是組合式基金較大的疑慮，則是要收兩次手續費的問題。投資部落格「幣圖誌」中的美股專欄作者「畢德歐夫」就指出：基金本身就有經理費，基金中的基金還要再付一次費用，等於是扒了兩層皮，他認為「買這種商品還沒開跑就輸在起跑點上了」，此外，用基金投資基金，每次調整時的買賣手續費也會比較高。
他建議投資人可透過晨星的網站，先知道想買的基金究竟扣了多少費用。但是在組合式基金的資料中，還是只看得到第1層的費用，就是你所投資的這檔基金每年淨值內扣費用，包括管理費、交易費、會計師簽證費、律師顧問費等，但是看不到第2層、即被投資基金的每年淨值內扣費用。
多數時候基金費用要看發行該檔基金的資產管理公司的資產規模而定，如果資產規模大的、具有較好的談判與議價能力，在申購基金就可以享有交易費用折扣，投資人要負擔的交易成本相對就會比較低。
畢德歐夫指出，付出經理費是使用者付費的概念，但如果是對投資已有基礎概念的人，也可以考慮模仿國際間知名大型指數的配置、來建立自己的組合，將資產分散到各個好標的上，免得付出兩層經理費用、侵蝕掉你的投資績效。
至於要如何辨別你想買的多元資產基金是直接投資的、還是組合式的？第一個簡單辨別分法是，基金名稱中有「組合」兩個字的就一定是組合式基金，例如台新多元資產組合基金；但是，千萬要注意的是，基金名稱中沒有「組合」兩個字的、並不代表就是直接投資式的，必須到各檔基金文宣或是公開說明書裡瞧個仔細，例如「柏瑞環球多元資產基金」、「安聯目標多元入息基金」，名稱裡看不出來是「組合」基金，只有在基金的行銷文宣裡，或公開說明書裡才看得出來；投資人在購買前可以到各家基金公司網站查詢。