持有成本》經理費與保管費均直接內扣
不管是A、B、C類型基金，在持有基金的時間，仍會有2項成本從基金的淨值中扣除，分別為「經理費」與「基金保管費」，不過B、C類型基金要再多留意「分銷費」。另外，若投資人想要轉換手中持有標的時，也會被酌收「轉換手續費」。
1.經理費
又稱為管理費，是投資人委託基金公司操作與管理基金的費用，而每檔基金都會訂有不同的費率。經理費並不像手續費只收取1次，而是「每天」都會收取由基金總資產乘以費率的金額，由於是直接從淨值中扣除，是投資人容易忽略的隱性成本。
股票型基金的經理費通常高於債券型基金，一般來說，股票型基金的經理費每年為1.5%∼2%、債券型則為每年1%∼1.5%。不過，經理費愈低不代表愈好，還是要參考該檔基金報酬率的表現。
2.基金保管費
投資人投入該檔基金的資金會放於保管銀行當中，因此必須向銀行支付基金保管費。這項成本同樣是由基金總資產計算，並從淨值中扣除，投資人不須額外支付，目前每年費率約0.1%∼0.3%之間。
3.分銷費
後收型基金通常是在贖回時才會收取手續費，但為鼓勵投資人長期持有，經過一定時間後再贖回，也可能不用再支付，但要注意，這類型基金每年會從基金淨值中被扣除1%∼1.5%的「分銷費」。
舉例來說，申購1檔B類型的股票型基金，持有4年後贖回，儘管不須支付手續費，但仍須負擔每年1%的分銷費，總成本並不一定比A類型基金低。
4.轉換手續費
如果在持有基金的過程中，投資人想要轉換至同一間基金公司標的時，可能需要額外支付「轉換手續費」。轉換手續費通常由2項費用組成，分別為「轉換作業手續費」與「轉換費」，前者是由銀行或基金平台收取，後者則為基金公司收取。