天然的資材，取自於自然，用之於自然，雖然對環境友善，對生態安全，但也是會有農藥的殘留，只是一般均認為這些天然的植物保護資材對人體的危害性較低。美國消費者聯盟（Consumers Union）提供給消費者索取的FAQ（常見問題解答）也表示：「有機食品不能被宣傳成『無農藥殘留』，所有的有機標準都承認低劑量的殘留是無可避免的。重點不是有機產品是『零』殘留，而是與傳統農業相較之下，殘留會低得多」。
根據農委會的定義：「有機農業是遵守自然資源循環永續利用原則，不允許使用合成化學物質，強調水土資源保育與生態平衡之管理系統，並達到生產自然安全農產品目標之農業。」也就是說，有機農業是一種較不污染環境、不破壞生態，並能提供消費者健康與安全農產品的生產方式。因此，比起農藥零殘留的狹隘概念，有機農業更強調自然資源永續與生態環境平衡，而不僅是農作物本身的無毒生產。
那既然天然，有機農產品不用洗就可以吃嗎？美國的醫療廢棄物管理公司Stericycle的研究指出，美國自2012年以來有87%有機蔬果被召回的原因，是由於殘留在蔬菜中的沙門氏菌及李斯特菌含量過高，並非產品標示不清。有機農產品雖不使用化學產品，但可以使用有機農藥及肥料，牲畜糞便即是有機肥料的來源之一，其中便含有沙門氏菌及李斯特菌。農產品在成長及運送過程中也會沾染到灰塵及細菌，因此，不管是一般蔬果或有機生產的食物，建議最好用清水洗過再食用較安全。
民眾也常問，圓形的白底藍字，中央有三個紅圈圈的「吉園圃安全蔬果標章」是不是有機？答案是錯的。「吉園圃」代表的是蔬果在種植時，符合安全用藥規範。申請吉園圃驗證的農民，需要參加由農委會指導的訓練課程，方便統一管理與監督。且2015年起農委會已停止吉園圃標章的申請，2019年6月將全面取消此制度，輔導升級往產銷履歷認證標章的方向走。但無論如何，吉園圃跟有機的標準仍有落差。
至於價格方面，有機難道就一定比較貴嗎？財團法人農業科技研究院農業政策研究中心副研究員陳玠廷提出，有機農產品相較於一般農產品的生產成本較高，也因此反應出的售價也較高。但因為目前的通路大多透過「契作」與農民合作，所以相較於一般農產品市場價格反而穩定，不容易受天災所影響。他舉例，因為有機農產品甚少出現菜金菜土的狀況，颱風天過後反而很多人會選擇購買相對較為便宜的有機農產品。
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