新制恐引2大爭議 愈晚考進愈吃虧
不過，對於政府提出的3大改革方向，學者專家認為有以下幾項爭議：
爭議1》替退休基金補洞？
未來的新進公務人員，自提率會變高，但替代率卻變低，讓陳登源與前退撫基金監理會組長楊永芳都質疑，「是用來填補現在退撫新舊制基金近8兆元財務缺口嗎？」
對此陳紹元解釋，會調整提撥率與負擔比率，目的是在足額提撥的前提下，減緩新進公務人員退休制度潛藏負債的發生速度，不會產生如現職公務員退休制度般這麼高的潛藏負債，亦減輕政府的財務壓力。而且就和勞退新制一樣，在公務人員的退休新制下，3層退休金的收支與財務管理，完全與現行舊制分離，各自獨立運作，「不會是拿新進人員的錢，補現職潛藏負債。」陳紹元說。
而考量新進公務人員負擔，陳紹元表示，新制還有調整的空間，例如在2019年後，應會把2層（確定給付制、確定提撥制）職業年金的費率計算基礎，從「2倍本俸」調整為「1.7倍本俸」。這樣未來的新進公務員每月約可少提撥1% 薪資做退休準備。