券商認為，股市大戶擔心財政部未來可能會按證所稅新制，調查股市金流，資金因而不願進場。國稅總局承辦證所稅業務人員表示，財政部現在並沒有針對證所稅開徵設置任何「特殊查核機制」。按一般稽查原則，未來納稅人除非被人檢舉，或被掌握有故意逃漏的嫌疑，才可能被鎖定調查。
財政部長張盛和曾估算，依新通過的證所稅修正案，未來要繳納證所稅者僅約1萬人。若以目前台股有交易人數（統計至2013年7 月）120萬人作基數，受影響者僅占0.83%。不過，券商卻認為，股市中實戶和大戶遲遲不敢進場的主要原因，是害怕未來會被財政部調查金流，因此呼籲，財政部應把證所稅修正案中「簡政便民」、「減少稽徵成本」的核心說清楚，卸除大戶的疑慮，才能讓資本市場榮景重現。
其實，按財政部6月送到立法院的「證所稅課稅制度修正說明」說帖，新制兼具3項特色：1.公平： 交易大戶改為設算與核實課稅擇一適用；2.效率：設算課稅由國稅局歸戶，投資人可免記帳；3.稽徵成本低：國稅局按歸戶之出售金額超過10億元部分自行發單補徵， 「無須查核」，稽徵成本及依從成本大幅降低。
財政部國稅總局負責證所稅業務的林小姐解釋，「設算與核實擇一適用」會分成以下2個程序：
1.國稅局先依據台灣證券交易所、櫃檯買賣中心和集保結算所提供的資料進行歸戶，以單一個人身分證字號為單位，就超過10億元的部分以千分之一的稅率先計算出稅額，然後寄單給納稅人，由納稅人持單繳納。
2.若納稅人主張他前一年度賠錢，可以不必理會國稅局的單據， 而在5月分結算申報綜合所得稅時，提出前一年度買賣證明，盈虧互抵後，就所得的部分以15%的稅率申報繳稅，所以投資人不必事先選擇要設算或核實。
此外她表示，財政部現在並沒有針對證所稅開徵設置任何「特殊查核機制」，因此按照一般稽查原則，除非納稅人被人檢舉，或有其他資訊被國稅局掌握，認為有故意規避或不以正當方法逃漏的嫌疑， 才有可能再被鎖定查核。
券商公會祕書長莊太平認為，已用設算制繳納證所稅者，再被查稅的機率極低。不過，要財政部大聲宣布不會查稅並不容易。未來要如何消除大戶的疑慮，需要主管機關拿出智慧。