日本房地產相關稅負基本上採固定稅率，不過，各個大樓的管理費、修繕基金則有所差異，而且金額是在建案推出時，由建商訂立30年修繕計畫去做平均分攤，交屋後管委會多會採用建商的標準，只是每個建案狀況不同、金額也不同。柳政億分析，東京核心區域、屋齡約15年的大樓，管理費、修繕基金合計約達每平方公尺400∼500日圓，且屋齡愈高修繕基金會愈高。由於管理費、修繕基金通常由房東按月支付，因此在投資日本房地產時一定要注意這部分成本。
購買日本房產的稅負名目不少（詳見〈稅費篇〉），而且絕對跑不掉！不過，在嚴謹的制度規範下，仍有合法的節稅管道，建議投資者可以這麼做：
方法1》
持有5年以上再出售
出售日本房地產時需課徵「讓渡所得稅」，稅基是以「資本利得」為基礎，例如以800萬日圓買進，1,000萬日圓售出，在不計其他成本的情況下，就以獲利200萬日圓計算讓渡所得稅。不過，為壓抑短線炒作，日本設定屋主若持有未滿5年即出售，稅率達30%！ 但持有若超過5年，稅率降為15%，稅金立刻少一半。
不過柳政億提醒，滿5年是以「年度」計算，舉例來說，投資人於2010年10月買進，2015年10月持有即滿5年，但因採用年度計，所以要到2016年後才可適用15%稅率。
方法2》
保留所有單據當成本扣抵
在日本出租收益每年需申報租賃所得稅，蔡璟柏建議投資人要完整保留所有支出的收據，包含往來日本的機票費用都可當成本扣抵，在申報租賃所得稅時類似台灣的「列舉扣除額」，只要證明你有這筆開銷，即可折抵所得。
租賃所得稅的計算方式和說明如下：
東京房東網總經理 廖惠萍
只要列舉項目合理，皆可扣抵收入
日本政府承認的收據，基本上以購入房產後的日期為準，但尚未購屋前，如果能證明是去看房子、或簽約等因購屋而產生的必要支出，都可保留單據於報稅時提出；且日本政府沒有限制成本列舉的金額上限，只要合理都可扣抵收入，對於節稅相當有益。