至於費用則可以拆成3塊來看，對投資人來說，不管是直接買進ETF或是投資ETF連結基金，共有3大類費用：1.經理費；2.保管費；3.手續費（詳見表1）。
ETF連結基金買進成本
僅多0.01%～0.02%
先來談經理費，ETF的經理費用從淨值內扣，而連結基金在投資ETF部分，不會再重複收取，因此兩者沒有太大差異。
而ETF的保管費用為0.035%，ETF連結基金則還需收取0.01%～0.02%的保管費（依據規模而定），等於買ETF連結基金要付出0.035%，再加上0.01%～0.02%的保管費，投資ETF連結基金略貴了一點。
至於手續費，由於投資ETF是在券商平台下單，手續費為0.1425%，大多數電子下單都是5折，也就是0.0713%，還需要交易稅0.1%，而ETF連結基金則是在銀行、基金超市平台或是投信購買，手續費則在0%～4%左右，依不同優惠方案而定，ETF連結基金與直接購買ETF互有高下。
總結上述3種費用，買進ETF連結基金會比直接買ETF多出約0.01%～0.02%的成本。
不過，透過基金平台申購卻有比直接從股市買進ETF所達不到的功能，以元大投信的基金平台為例，投資人可以事先設定加減碼條件，例如比前一次扣款的股價少1元就自動加碼，不用時時盯盤就可以自動逢低加碼，還可以設定停損、停利，當投資報酬率達到預設的比率，就自動幫你賣出。
另外，要達成複利效果，就一定要把配息再投入，ETF連結基金有提供「不配息」級別，就等於是幫投資人自動把配息轉買基金，滾出複利的雪球。
元大投信表示，雖然現在也有券商提供定期定額投資ETF，也有券商提供盤後零股買進，但是功能較為簡單，只能設定固定日期扣款，沒有提供加減碼、自動停損／停利，以及配息再滾入等功能。
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